В Берлин он приехал вовремя: как раз велась запись в клинике знаменитого Христиана Гуфеланда, работы которого с характерной практической направленностью Мудров изучал в Московском университете. Потрудившись в Берлине, он отправился в Лонсхут, а оттуда в другую «Мекку» медиков — Бомберг, где сияла «звезда» профессора Решлауба. Мудров быстро покинул один и второй университеты, твердо поняв, что только в опыте, в практике может быть истинная суть медицины, что теории, которые существуют в настоящее время, далеки еще от истины.
Поехал Мудров летом 1803 года знакомиться с Лейпцигским, а потом и с Дрезденским университетами. Осенью 1803 года он появляется в Геттингене в квартире своего друга Александра Тургенева. Здесь, в Гет-тингене, была одна из лучших в Европе клиник повивального искусства, которой руководил Озиандр. Заплатив 30 талеров, Мудров все дни проводил в клинике, изучая акушерство. В Вюрцбурге Мудров совершенствовался в анатомии и хирургии, он оперировал вместе с Зибельтом, профессором этой клиники. В Вене он задержался в глазной клинике Беера.
Занятия в Париже Мудрову оказались не по карману, пришлось подрабатывать в семье князя Голицына, обучая его детей русскому языку. Заработка хватало, чтобы слушать лекции ведущих профессоров Пинеля, Порталя, Бойе и др. Весной 1804 года Мудров посылает в Московский университет написанную им в Германии диссертацию «Самопроизвольное отхождение плаценты». В этом же году его будущий тесть Х.А. Чеботарёв избирается первым ректором Московского университета. В Париже до Мудрова дошла весть об утверждении советом университета его докторской диссертации. Совет медицинского факультета присвоил ему звание экстраординарного профессора за его работу и труды, опубликованные за рубежом и присланные в Россию.
По просьбе попечителя университета Михаила Никитовича Муравьёва Мудров пишет и направляет в Москву программу реорганизации системы обучения. На основании опыта работы лучших университетов Германии, Австрии, Франции он предлагает конкретные меры улучшения характера преподавания, чтобы приблизить обучение студентов к задачам практической медицины. Предоставляя «чертеж практических врачебных наук, снятый с главных училищ Германии и Франции», он высказал при этом свой взгляд на их преподавание. «Заблаговременное соединение теории с практикой составляет особый круг в медицине. Как науки, они имеют свои идеальные начала, почерпнутые из существа вещей. Как науки практические, они преосуществляются в искусство. Кто соединил науки с искусством, тот художник». Предложения понравились М.Н. Муравьёву, и в своих новых формах преподавания в Московском университете он из них многое заимствовал… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»