Профессору Мейнерту принадлежат открытия, касающиеся проводящих путей ЦНС, цитоархитектоники коры мозга. Им были описаны специфическая структура одного из участков коры затылочной части мозга, а также клетки, получившие наименование клеток Мейнерта. Он внес значительный вклад в изучение патологической анатомии прогрессивного паралича. На основании своих морфологических исследований Мейнерт пришел к выводу об основных функциональных и анатомических различиях между корой головного мозга и подкоркой, которые он в дальнейшем положил в основу объяснения природы и систематики психических расстройств. С этих позиций он в своем учебнике «Психиатрия — клиника заболевания переднего мозга» (1884 г) делил психические болезни на две группы: последствия «анатомических изменений» и «расстройств питания мозга». Он стоял на позициях узкого локализационизма, а многие его положения, например «мозговая мифология», встречали обоснованную критику.
Наиболее значительной клинической работой явилось выделение им клинической картины аменции. Аменция в понимании Мейнерта представляла собой сборную группу острых психозов с бессвязностью мышления и речи. В 1881 году Мейнерт ввел понятие аменции: синдром расстроенного сознания, состояние острой спутанности. Первоначально Мейнерт назвал аменцию острой галлюцинаторной спутанностью сознания и лишь в 1890 году ввел понятие аменции, границы которой значительно расширил, рассматривая ее как самостоятельный психоз. Основные признаки — полная дезориентация в месте, времени, собственной личности, бессвязность мышления, повышенная отвлекаемость, наличие аморфных, нестойких иллюзий и галлюцинаций, отрывочные бредовые переживания, растерянность, пугливость, неадекватная эмоциональность.
Советник Мейнерт был психиатром, крупным специалистом по анатомии и физиологии мозга, тем не менее он отвергал термин «психиатрия», возникший в 1835 году. Само заглавие его основного труда сразу дает нам понимание его принципиальной позиции («Психиатрия, клиника заболевания переднего мозга, основанная на его строении, отправлениях и питании»). Мейнерт хотел понять психозы, к которым Шарко и другие относили истерию, основываясь на анатомическом строении и работе мозга. Он повсюду искал патологоанатомические изменения (меланхолические и маниакальные состояния, бредовые идеи, навязчивые представления и пр.), стремился перевести на анатомический язык все психологические и психопатологические процессы. Многие критики называют построения Мейнерта «мозговой мифологией».
Восстав против самого термина психиатрия, он говорит, что это слово вводит людей в заблуждение, обещая то, чего оно не в силах исполнить. По его мнению, наука о психических расстройствах только тогда станет на твердую почву, когда будет изучен во всех деталях тот орган, в котором сосредотачивается психическая жизнь. Такова была основа медицинского воззрения шестидесятых годов прошлого столетия. Так учил Рокитанский, так говорил великий врач Вирхов… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»