Последние два курса Манассеин главным образом занимался в клинике С. П. Боткина. 31 декабря 1866 года наконец-то заканчивается девятилетнее обучение, и он сдает лекарский экзамен и остается при академии на три года для дальнейшего усовершенствования. Он продолжает заниматься в клинике С. П. Боткина, а последний год в качестве ассистента в клинике В. А. Бессера. Затем он сдает докторский экзамен, защищает диссертацию «Материалы к вопросу о голодании». Профессор Боткин вносит предложение о командировке Манассеина за границу. В 1870 году Вячеслав Авксентьевич едет на два года за границу, где работает в Вене и Тюбингене в лабораториях и клиниках известных в то время ученых. В 1872 году он возвращается и получает одобрение представленных им работ. После пробной лекции Манассеин был утвержден доцентом общей патологии и диагностики и в октябре 1873 года приступил к чтению лекций и практическим занятиям со студентами 3-го курса. В 1875 году он был избран адъюнкт-профессором, а через год — ординарным профессором частной патологии и терапии, причем для студентов 3-го курса он читает практическую диагностику. В этой должности он проработал с 1876 по 1891 год.
Лекции Манассеина активно посещались не только студентами всех курсов, ходили к нему на лекции и врачи. Читал он блестяще. Материалы давал не только по своему предмету, но и по гигиене и профилактике, к которым он был особенно расположен. Особое внимание он уделял будущей роли врача и его нравственным обязанностям по отношению к больным и обществу. «Врач должен отдаваться принимаемому на себя долгу всей душой, бескорыстно, с любовью и самоотвержением», — говорил Манассеин.
Официальное издание «Материалы к истории кафедры» дает такой отзыв о Манассеине: «Как преподаватель профессор Манассеин был одним из выдающихся и блестящих лекторов не только при нашей кафедре, но и вообще за весь исторический период академии. Это был идеальный преподаватель, какой только мог быть на кафедре частной патологии и терапии. Он был человеком, обладающим критичным умом, обширными историко-литературными сведениями, превосходным даром слова и тонкой способностью читать содержательные лекции, используя при этом большое количество материалов. Особенно были богаты по содержанию его лекции по этиологии и по истории медицины». Манассеин не только преподаватель медицины, это был «учитель жизни». Он готовил не просто врачей, а воспитывал ответственных работников, любящих свою профессию и относящихся к больным с любовью, как к своим близким.
Деятельность Манассеина как клинициста характеризуется физиологической трактовкой медицинских проблем. В своих исследованиях Вячеслав Авксентьевич широко пользовался экспериментами на животных, проводил индивидуализацию в лечении больных, использовал санитарную статистику для решения клинических вопросов; пропагандировал физические методы лечения, гидротерапию, лечебное питание; разрабатывал диететические основы борьбы с туберкулезом. В 1869 году он публикует «Материалы для вопроса о голодании» (диссертация), а в 1879 году — «Лекции по общей терапии»… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»