В марте 1863 года Петр Лесгафт получает должность сверхштатного ординатора в главном военно-сухопутном госпитале в клинике профессора А. А. Китера и одновременно читает лекции по анатомии студентам 5-го курса Медико-хирургической академии. 29 мая 1865 года П. Ф. Лесгафт блестяще защитил диссертацию на степень доктора медицины. «Диссертация его есть одна из лучших, которые когда-либо появлялись в Медико-хирургической академии», — писал Грубер. — Она основывается на огромном числе исследований и составлена с большой точностью и любовью к научной истине».
Через три года появляется статья Лесгафта «Колотомия в левой поясничной области с анатомической точки зрения». Его высокая анатомическая техника, несомненные преподавательские способности и появившиеся в печати первые научные труды обратили на себя внимание руководителей медицинского факультета Киевского университета, и он был приглашен туда на кафедру анатомии. К этому же времени был объявлен конкурс на должность заведующего кафедрой физиологической анатомии в Казанском университете. П.Ф. Лесгафт направляет туда требуемые документы, и 11 сентября 1868 года девятью голосами против одного совет университета избирает его экстраординарным профессором.
В Казанском университете профессор Лесгафт совершает неординарный поступок. Для помощи в приготовлении учебных препаратов и проведении практических занятий он вначале привлекал студентов старших курсов, но в сентябре 1870 года он добился официального прикрепления к кафедре ученицы повивального класса Евгении Мужсковой. Так, впервые в России женщина надела прозекторский фартук и встала рядом с мужчинами. Петру Францевичу принадлежит идея создания антропологического музея, который благодаря его стараниям стал быстро пополняться ценными экспонатами». Три года, проведенных Петром Францевичем в Казанском университете, оставили заметный след. «Один из самых ярких анатомов, каких производил свет» — так написала о нем в декабре 1870 года казанская газета «Неделя».
«Дело Лесгафта», вызвавшее большое волнение научной общественности России, совпало по времени с событиями, смертельно напугавшими царское правительство: в сентябре 1870 года во Франции началась революция, приведшая к падению империи и созданию республики. Началось оно на уже подготовленной почве неприязни к попечителю П. Д. Шестакову. Толчком же послужили экзамены, которые вместо профессора Лесгафта принял профессор патологической анатомии А. К. Петров. При разборе дела в совете университета выяснилось, что экзамены были проведены с нарушением требований, без препарирования трупа. Возмущенный этим обстоятельством, Петр Францевич написал письмо в газету, в которой вышла сенсационная статья «Что творится в Казанском университете». Так был вынесен сор из университетской избы на двор всей России. Скомпрометированный П. Д. Шестаков добился у царя увольнения профессора Лесгафта без, права преподавания… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»