Получив в 1886 году звание профессора, Крепелин в этом же году занимает пост заведующего кафедрой психиатрии Дерптского университета, называемого Тартуским, сменив на этом посту Эммингауса, лекции которого он слушал в Вюрцбурге. Университет был основан в 1802 году, его предшественник — Академия Густавиана основана в 1632 году. На базе университета Крепелин развернул экспериментально-психологические исследования. Викентий Викентьевич Вересаев (Настоящая фамилия Вересаева — Смидович) (1867-1945 гг), писатель и врач, окончивший филологический факультет Петербургского университета (1888 г) и медицинский факультет Дерптского университета в 1894 году, слушавший лекции Крепелина, писал в своих воспоминаниях: «Особенно выдавался в то время уже знаменитый профессор психиатрии Эмиль Крепелин — нестарый, тридцатипятилетний человек с окладистой каштановой бородой и умными внимательными глазами. Впоследствии он приобрел мировую известность первокласснейшего психиатра, произведшего коренную реформу во всей клинической психиатрии…
…Выводят психического больного — Крепелин, внимательно глядя, начинает задавать вопросы, и на наших глазах, как высокохудожественное произведение, ярко начинает вырисовываться вся характерная картина данной болезни. И заключающая характеристика, которую давал болезни профессор, была для слушателей естественным и необходимо вытекающим итогом всех расспросов больного».
Во время русификации университета он вынужден был уйти вместе со знаменитым хирургом Бергманом и другими учеными. Царская Россия не сумела оценить этого человека, учителя всех русских психиатров. В 1891 году он создал свою школу в старинном Гейдельбергском университете, основанном еще в 1386 году. Наконец, в 1903 году он создал свою школу в Мюнхенском университете, основанном в 1472 году.
В тяжелые годы Первой мировой войны Крепелин создал в Мюнхене Исследовательский психиатрический институт; в 1922 году он создал в нем кафедру и целиком отдался работе. Мюнхенская клиника, руководимая Крепелиным с 1903 года, была таким же местом паломничества врачей, как и Сальпетриерская во времена Эскироля и позже — в эпоху Шарко. На скамьях аудитории, выходящей на Гетештрассе, русские сидели вперемежку с англичанами и японцами, а врачи скандинавских стран рядом с жителями Неаполя и Южной Америки; вскоре также и Франция, по справедливости гордящаяся своими гениальными достижениями начала XIX столетия, не могла не признать, что немецкая наука в лице Крепелина достигла высшего синтеза психиатрических знаний, подготовленного всем предыдущим ходом развития науки. В результате французские ученые стали приезжать на знаменитые «курсы усовершенствования» в Мюнхен, куда мечтал попасть каждый врач-психиатр… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»