8 июня 1877 года по прибытии в Николаев Кондинский поступил для лечения в Николаевский морской госпиталь. Затем его отправляют для лечения в С.-Петербургский Николаевский военно-сухопутный госпиталь в отделение для душевнобольных. В августе того же года — награжден светло-бронзовой медалью в память войны 1877-1878 годов. В 1878 году по болезни 6 месяцев был в отпуске за границей, а по возвращении из него поступил на излечение в заведение доктора Фрея в Санкт-Петербурге 20 октября 1878 года.
Выздоровев, Виктор Хрисанфович женился 1 сентября 1878 года на Елизавете Карловне Фреймут, дочери провизора, лютеранке. Это была сестра милосердия, которая выхаживала его после первого приступа болезни. Он называл ее мамой и окружил величайшим вниманием. Верная подруга Виктора Хрисанфовича, его жена, в дальнейшем разделит с ним его трагическую судьбу.
Уволившись 30 апреля 1879 года по болезни с военной службы, доктор Кандинский в 1880 году в своей первой работе о галлюцинациях дал подробное описание этого психопатологического феномена на основе самонаблюдения и последующего искусственного вызывания, с ретроспективным анализом. Спустя год он был зачислен старшим ординатором психиатрической больницы св. Николая Чудотворца в Петербурге (ныне 2-я Ленинградская психиатрическая больница). Это громадное сумрачное 4-этажное здание, окруженное высоким забором и небольшим густым садом, расположено на углу Мойки и Пряжки.
В 1883 году у Кандинского случился второй приступ душевной болезни. 16 марта этого же года он поступил на лечение в Дом призрения для душевнобольных, учрежденный Александром III (ныне 3-я Ленинградская психиатрическая больница). 20 апреля этого же года он выписывается из больницы, как сказано в его личном деле, «в состоянии практического выздоровления».
В последующие годы Кандинский проявился как выдающийся психиатр, автор ряда замечательных монографий по философии, психологии и психопатологии. Он перевел с немецкого на русский язык монументальный труд В. Вундта «Основания физиологической психологии».
В своих трудах при анализе психопатологических явлений Кандинский исходил из данных физиологии нервной системы. Имя Кандинского приобрело мировую известность после описания им синдрома психического автоматизма и классического исследования псевдогаллюцинаций. Кандинский существенно дополнил главу об обманах чувств, впервые намеченную Эскиролем и разработанную немецким психиатром Гагеном (1814-1888 гг), учеником психиатров Фридрейха и Якоби, которому принадлежит изобретение слова «катамнез». Кандинский говорит, что название псевдогаллюцинаций или ложных галлюцинаций не представляется вполне точным. Дело в том, что, обладая существенными свойствами галлюцинаций, псевдогаллюцинации заслуживают скорее названия неполных галлюцинаций, или галлюциноидов. Главное различие между зрительными галлюцинациями и галлюциноидами в том, что от галлюцинаторного образа можно отвернуться, тогда как от псевдогаллюцинаторного отвернуться нельзя — он следует за движениями глаз и головы… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»