По словам Soucerotte, Гийотен доставлял жертвам террора яд, который освобождал их, по крайней мере, от мук эшафота. Неудивительно, что при таком отношении Гийотен сам попал в немилость и угодил в тюрьму. 8 октября 1795 года был выдан ордер на арест доктора Гийотена. Ордер можно встретить в музее парижской префектуры полиции. Он сам едва не стал жертвой того орудия, идею о котором внушило ему чувство человеколюбия. Спасло его от смерти 27 июля 1794 года — день падения Робеспьера.
Освобожденный из тюремных застенков, он снова занялся врачебной практикой и добился статуса «Medicin de bienfaisance de la Halle de ble». Огромная заслуга Гийотена в том, что он занялся объединением врачей оставшихся от расформированного революцией прежнего медицинского факультета, а также докторов других факультетов и основал Свободное ученое общество (eerie medical), задача которого заключалась в совместной работе на благо медицины и для поддержки достоинства врачебного сословия. Это Свободное медицинское общество явилось колыбелью современной Академии медицины. Нельзя не сказать и о том, что Гийотен был ревностным защитником Дженнеровского оспопрививания; он был избран председателем вновь образованного французского комитета для распространения нового метода и немало содействовал развитию оспопрививания во Франции.
Жозеф Гийотен своей общественной деятельностью, стремлением к медицинским реформам значительно содействовал прогрессу врачей и клинической медицины в целом. Он остался жив вопреки диким бурям своего времени и скончался не на гильотине, как многие его коллеги, а от банального карбункула. Это произошло 26 марта 1814 года на 67-м году жизни.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»