В делах факультета было немало злоупотреблений: получение звания врача или докторской степени обходилось кандидату очень дорого. Стоимость была столь высока, что число врачей в Париже ежегодно увеличивалось не более чем на 6-7 человек. Например, в 1789 году на Парижском факультете числилось 148 docteurs regents, многие из которых жили не в самом Париже. Число студентов, изучающих медицину в Париже, было не более 60 человек. Дворянство жаловалось, что «невежество деревенских хирургов ежегодно уносит больше жизней граждан, чем десятки сражений». Это печальное положение вещей требовало немедленных реформ. Но их-то как раз и не было. Гийотен требовал прекратить покупать медицинские степени, организовать практическое преподавание акушерства, ввести шестилетний курс обучения в медицинских школах и госпиталях. В 1803 году после многочисленных попыток законопроект о реформе медицинского образования и врачебного сословия наконец-то был принят. Однако закон был урезан и уступал более прогрессивным планам Гийотена. Лишь в 1891 году, спустя 100 лет после предложения Гийотена, реформа была проведена, причем она соответствовала в общих чертах его требованиям относительно организации преподавания и клинического обучения медицине.
После закрытия Национального собрания Гийотен примкнул к клубу фельянов, более умеренным членам якобинского клуба, который был основан в 1791 году; фельяны стремились к конституционной монархии. С закрытием в 1791 году Национального собрания закончилась в основном и политическая деятельность Гийотена.
Перейдем непосредственно к той стороне деятельности Гийотена, которая в силу рокового недоразумения создала ему одиозное имя. Исходя из благородного стремления уничтожить укоренившиеся в государстве злоупотребления и реализовать начала равенства перед законом, Гийотен выступил в знаменитом заседании 1 декабря 1789 года с декларацией прав человека, давшей повод к изобретению слова «гильотина». В то время обсуждался новый уголовный кодекс и вопросы исполнения наказаний. Гийотен выступил ярым защитником равенства наказаний для всех осужденных без различия ранга и состояния. При старом режиме дворянин пользовался исключительной привилегией, если его приговаривали к смерти, то обезглавливали. Казнь посредством обезглавливания считалась более благородной, чем колесование, виселица и т.п., предназначавшиеся для простых смертных и носившие обесчещивающий характер. Добавим , что колесование и повешение влекли за собой позор не только для осужденного, но и для всей его семьи, между тем как обезглавливание никак не отражалось на семье казненного дворянина. Принятый в 1789 году принцип равенства всех перед законом повлек за собою, естественно, и равенство перед наказанием, которое должно варьироваться сообразно преступлению, а не общественному положению осужденного… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»