Официальные представители парижской буржуазии приняли брошюру Гийотена как свою политическую программу. Парламент наложил на нее запрет, и вскоре Гийотен был вызван для допроса. Он объяснил свои мотивы: «Мной руководили не личные интересы, а лишь патриотизм и забота об общественном благе». Говорят, он проявил в своей речи такую силу убеждения, что огромная толпа, присутствующая на заседании парламента, устроила ему на выходе овации, увенчала цветами и с триумфом проводила домой. Так начиналась его политическая карьера.
Доктор Гийотен был избран в Генеральные штаты представителем парижской буржуазии, в числе десяти депутатов от Парижского округа. 5 мая 1789 года, в первый день заседания в Версале, Гийотен был избран инспектором зала заседаний. Должность была весьма престижной и ответственной на стадии организации работы штатов. В этом же году депутаты 3-го сословия Генеральных штатов объявили себя Национальным собранием.
По предложению Гийотена Национальное собрание учредило в 1790 году комиссию общественного здравоохранения. Будучи членом этой комиссии, он внес в собрание в 1791 году от имени комиссии проект реформы медицинского обслуживания населения и образования во Франции. Преподавание на медицинских факультетах было поставлено неудовлетворительно. Парижский факультет имел 7 кафедр (акушерство, патология, физиология, фармация, латинская и французская хирургия и materia medica), но практические занятия на них были непопулярны; клинического преподавания не было почти никакого, так как факультет находился вне всякой связи с больницами. Первую клинику во Франции по внутренним болезням открыл в Париже Дебуа де Рошфор (Desbois de Rochefort) в 1795 году. В течение целого года в Париже для анатомирования пользовались лишь двумя трупами. Врачи, прошедшие обучение, не имели никакой практической подготовки и, как горько острил Декарт, получали необходимый опыт лишь после массового убийства своих пациентов… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»