Доктор Гийотен достиг высшей медицинской степени того времени, он стал «docteur regent» («доктор регент»). Благодаря этому он занял место профессора анатомии, физиологии и патологии при Парижском факультете. Как врач и преподаватель он вскоре стал пользоваться значительной известностью. Суждения Гийотена, как говорит Ларусс (Larousse), всегда были проницательны и мудры. Даже правительство неоднократно приглашало его высказать свое мнение по важным вопросам. Так, он отсоветовал правительству вводить налог на уксус; убедил принять меры по предупреждению опасности собачьего бешенства; предложил осуществить осушение болот Poitou и Saintonge, дабы застраховаться от эпидемии малярии.
Доктор Гийотен участвовал в комиссии, на которую была возложена обязанность научно исследовать вопрос о колдовстве, требовалось доказать сельскому населению его абсурдность. В середине XVIII столетия в университетском городе Вюрцбурге на основании экспертного заключения медицинского факультета была сожжена одна девушка, признанная колдуньей. Этот яркий факт показывает, что дикость и невежество отнюдь не прерогатива крестьян. В 1784 году Гийотен был включен в представительную комиссию, которая исследовала целебную силу животного магнетизма Месмера, чудесные исцеления которого вызвали громадную сенсацию в Париже, особенно в придворных кругах.
Тяжелое экономическое положение Франции побудило Людовика ХVI созвать в 1789 году Генеральные штаты, не собиравшиеся с 1614 года. Одновременно было предложено ученым и другим образованным людям высказаться по составу этого высшего сословно-представительского учреждения. Гийотен, не занимавшийся до того политикой, изложил 8 декабря 1788 года свои взгляды в брошюре «Petition des citoyens domicilies a Paris», которая сразу сделала его героем дня. В ней «с удивительной яркостью и образцовой умеренностью» была представлена точка зрения третьего сословия. Историк Шассэн (Chassin) характеризует брошюру как «весьма замечательный политический и литературный труд, принадлежащий по времени и значению к первым символам веры, подготовившим великое революционное движение». От имени 3-го сословия Гийотен требует допустить к работе в Генеральных штатах столько же представителей третьего сословия, сколько предполагало участвовать представителей от дворянства и духовенства вместе взятых… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»