В последние годы жизни Гарвей изучал индивидуальное развитие животных. В 1651 году был издан второй его трактат «Исследования о зарождении животных», в котором он впервые высказал мысль, что «все живое происходит из яйца». В отсутствие микроскопа, Гарвей, естественно, только мог догадываться о многих существенных закономерностях эмбрионального развития, неудивительно, что не все его предположения подтвердились в дальнейшем. Тем не менее он впервые сформулировал теорию эпигенеза, установил, что зародыш цыпленка развивается не из желтка куриного яйца, как говорил Аристотель, и не из белка, как полагал Фабриций, а из зародышевого кружка, или пятна, как называл его Гарвей.
Высказал и обосновал мысль о том, что животные в период эмбрионального развития проходят ступени развития животного мира, то есть, что онтогенез повторяет филогенез. Однако в объяснении причин зародышевого развития Гарвей придерживался виталистических взглядов. В результате своих сравнительно-анатомистических и эмбриологических исследований Гарвей впервые вывел общеизвестную формулу: ««все [живое]» — из яйца.
Только в XX столетии стало известно, что у Гарвея был предшественник. В 1572 году голландский анатом и врач Волхер Койтер (1534—1576) дал научное описание развития куриного зародыша, положив начало науке — эмбриологии.
В 1654 году Гарвей был единогласно избран президентом Лондонской медицинской коллегии, но по состоянию здоровья отказался от этой должности. Гарвея продолжали мучить подагрические боли. Когда они становились невыносимыми и не проходили от холодной ножной ванны, он принимал настойку опия. В мае 1657 года он настолько ослаб, что сама мысль выйти из комнаты казалась ужасной. Гарвей скончался скоропостижно. Утром, часов в десять, 3 июня 1657 года он хотел что-то сказать и обнаружил, что язык у него парализован. Он сразу понял, что это конец. Сделал знак Сэмброку, аптекарю из Блэкфрайерса, чтобы тот пустил ему кровь из языка. Но это не помогло. Тело Гарвея перевезли из Роухэмптона в Лондон, в Кокейн-Хаус, где его забальзамировали и вместо гроба уложили в свинцовый саван, повторяющий очертания тела. Гарвея похоронили в семейном склепе в местечке Хемпстед (графство Эссекс), в пятидесяти милях к северо-востоку от Лондона.
М.С. Шойфет, "Сто великих врачей"