Основное внимание при изучении пограничных состояний Ганнушкин уделил психопатиям. Для отграничения их от психозов и состояния здоровья он впервые выделил три клинических признака: постоянство, прирожденность психопатических особенностей личности; отражение этих особенностей на всей ее психической жизни; количественные и качественные проявления известных психических особенностей таковы, что их носитель находится на границе психического здоровья и болезни. Указывая на отличие психопатий от нормального состояния и психозов, Ганнушкин писал: «Эти индивидуумы, находясь на свободе, резко отличаются от обыкновенных нормальных людей; оказываясь в специальном заведении для душевнобольных, они точно так же резко отличаются от остального населения этих учреждений».
Петр Борисович был тонким диагностом и исключительно чутким врачом. Особое уважение и авторитет Ганнушкин снискал как мастер амбулаторных приемов. Он учил врачей ставить ранние диагнозы по едва заметным изменениям психики. К нему толпами стремились на прием психически больные, привлекаемые его возрастающей славой. Он принимал до 300 человек в неделю. Много раз на приемы приходили вооруженные больные. «Он шел к ним вплотную, отбирал оружие, никогда этим не хвастался, считал это своим долгом психиатра и говорил, что если бы и погиб от руки душевнобольного, то умер бы на своем посту и ничего особенного в этом не было бы. Спас многих больных и их родственников, обезоружив больных», — вспоминала его жена Софья Владимировна Ганнушкина (Клумова).
Завершением многолетних исследований является его классическая монография «Клиника психопатий: их статика, динамика и систематика», которая содержит яркое и детальное описание существенных особенностей основных типов патологических характеров. Этот труд характеризует Ганнушкина как создателя «малой» психиатрии, изучающей неразвернутые формы психических заболеваний. Свой классический труд «Клиника психопатий: их статика, динамика и систематика» Ганнушкин завершил, когда здоровье его стало быстро ухудшаться. Наряду с усиливающейся сердечной недостаточностью и выраженным ожирением у него была опухоль в брюшной полости. После долгих колебаний, когда уже появилась непроходимость кишечника, Ганнушкин согласился на операцию. Его оперировали выдающиеся хирурги профессора А. В. Мартынов и В. Н. Розанов. Им помогал крупный терапевт профессор Д. Д. Плетнев. Но было поздно. 23 февраля 1933 года Ганнушкин умер. Он успел прочитать и подписать к печати корректуру своей монографии. Книга вышла в свет, когда её автора не было в живых. Пятитысячная колонна людей провожала Петра Борисовича Ганнушкина на Новодевичье кладбище.
Сын — Алексей Петрович Ганнушкин (1920-1974 гг) стал крупным специалистом в области самолетостроения и был удостоен звания Лауреата государственной премии. Трагически погиб.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»