Пришло время учиться в гимназии, и дружная семья перебирается в Рязань, чтобы дети были под присмотром родных. Отец устраивается врачом в 1-ю мужскую гимназию. Петру было 9 лет, когда он поступил в 7-ю Рязанскую мужскую гимназию. Учился отлично, особые способности проявил к языкам. Уже с 13 лет стал интересоваться характерами людей. Окончив в 1893 году гимназию с золотой медалью, он в том же году поступил на медицинский факультет Московского университета. Братья также начали учиться в Московском университете, и снова переезд, родители последовали за детьми. Отец определился на должность помощника главного врача Московского воспитательного дома. Судьба одного из братьев — Николая — была трагической. Он простудился и умер во время студенческих волнений; Михаил стал адвокатом; Иван — врачом-терапевтом, сестра Мария — учительницей.
На медфаке Петр Ганнушкин слушал содержательные лекции по пропедевтике внутренних болезней М. П. Черинова, который делал обширные экскурсы в неврологию и психиатрию. В 1862-1865 годах Черинов изучал нервные и психические заболевания в клиниках В. Гризингера, Н. Фридрейха и Л. Тюрка, а в 1866-1867 годах читал курс лекций по этим заболеваниям вместо профессора П.И. Матчерского. После 3-го курса Петр окончательно избрал своей будущей специальностью психиатрию. Во многом этому способствовало то, что он слушал лекции профессоров А.Я. Кожевникова и его ученика С. С. Корсакова, блестящих знатоков нервно-психических болезней. На 4-м курсе Петр Ганнушкин непосредственно занимался на кафедре нервных болезней, руководимой патриархом отечественной невропатологии Кожевниковым, а на 5-м курсе изучал психиатрию у легендарного Корсакова.
Окончив в 1898 году медфак, Ганнушкин был оставлен работать при психиатрической клинике Московского университета. Руководить усовершенствованием по психиатрии врача-экстерна Ганнушкина Корсаков поручил своему ассистенту С. А. Суханову, который возглавлял патогистологическую лабораторию, курировал стационарных больных и вел амбулаторный прием. В 1899 году Ганнушкин блестяще защитил докторскую диссертацию «Материалы к вопросу о четкообразном состоянии протоплазматических отростков нервных клеток мозговой коры». В том же году Суханов был утвержден в звании приват-доцента. Он охотно помогал молодым врачам. С. Ганнушкиным у него сложились дружеские отношения… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»