Определенную роль в противодействии Франку оказал баронет Я.В. Виллие, лейб-хирург Александра I, испугавшийся за свое влияние и не пожелавший иметь около себя конкурента. В связи с этим дальнейшее пребывание Франка в Медико-хирургической Академии стало затруднительным, и 25 февраля 1808 года он был «уволен по прошению от службы с предоставлением пенсии», хотя кафедру еще некоторое время занимал. Франк вдохнул новую жизнь в Медико-хирургическую Академию и положил начало выделению общественной гигиены в России в самостоятельную научную дисциплину. Еще раньше он стал членом Российской Академии наук (1804-1808). Франк продал Казанскому университету свою библиотеку, собираемую в течение 45 лет. В ней насчитывалось «сочинений около 3520 — волюмов 5240». После продажи своей библиотеки он в 1808 году возвратился в Вену, где ему пришлось встретиться с Наполеоном, отклонить несколько раз повторенные последним предложения поступить к нему на службу во Франции.
В 1811 году Франк выпустил 5-й том медицинской полиции, а в 1817 году — 6-й том. Отказавшись от преподавательской работы, Франк все же не мог не помочь многочисленным больным, искавшим у него врачебного совета. Ясное сознание и свойственное ему чувство юмора не оставляло его до конца жизни. Незадолго до смерти около постели Франка собрался консилиум в составе 8 врачей. Обводя их глазами, он сказал: «Теперь я понимаю того солдата, который, будучи в битве при Ватерлоо прострелен восемью пулями, успел перед смертью сказать: «черт возьми, сейчас я знаю, сколько нужно пуль, чтобы убить одного гренадера». Как врач-практик, написавший руководство по внутренней медицине, по которому учились несколько поколений врачей, Франк не придерживался ни одной из состязавшихся между собой медицинских догматических систем, как все великие врачи, он был осторожным в терапии эклектиком.
Петер Франк — один из выдающихся мыслителей конца XVIII и начала XIX века. Его идеи на сотню лет определили развитие медицины. Капитальный труд Франка — это памятник колоссальной эрудиции, четкости и ясности мысли. Это поистине не оцененный в должной степени и теперь энциклопедический труд по вопросам социальной гигиены, некоторые части которого носят до сих пор вполне современный характер. Эрудиция Франка вызывает восхищение. Владея многими новыми и древними языками, он черпал в сокровищнице медицинской литературы самые различные материалы для иллюстрации социально-медицинских проблем.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»