Познакомившись с постановкой образования в университете, он создал проект об улучшении преподавания медицинских наук. Основными положениями проекта явились строгая последовательность в изучении медицинских наук, продление учебы на медицинском факультете до 6 лет, расширение программы преподавания за счет создания двух кафедр (главных курсов) и двух дополнительных курсов. К семи кафедрам, предусмотренным уставом Виленского университета, по новому проекту добавлялись еще кафедры особенной терапии, которая к приезду Франка практически уже существовала, и физиологии. Общее число дополнительных курсов, по проекту Франка, составляло 9 («гигиена, или наука о сохранении здоровья, врачебная полиция и судебная медицина», «изъяснение патологии на больных в госпитале при вскрытии тел» и др.). Этот проект был одобрен на общем заседании профессоров университета 15 октября года.
Одновременно Франк начал организовывать терапевтическую клинику на 16 коек. Он предложил для этой цели дом покойного князя М. Радзивилла, который университет и купил. После того как 1 марта года больные были переведены в клинику, Франк «…начал там при больных читать лекции практического врачевания». Франку было присвоено звание статского советника. Он служил в Вильно лейб-медиком у императора Александра I.
Второй период деятельности Франка в России начинается с его переезда в С.-Петербург. После отъезда Франка из Вильно руководство клиникой и кафедрами перешло к его сыну Иосифу. Вследствие болезни глаз он удалился от дел в Камо, где вскоре его настигла смерть. 11 августа 1805 года Франк прибыл в Петербург и остановился в трактире «Лондон». Франк заключил контракт, по которому он должен был занять должности лейб-медика, ректора и руководителя кафедры в Медико-хирургической Академии, стать деканом Медицинского совета, членом Главного училища правления и получить звание действительного статского советника с годовым жалованием 12 133 рубля (как лейб-медик он получал 9033 рубля, как ректор академии — 600 рублей, за заведование кафедрой — 2500 рублей). 2 сентября 1805 года министр внутренних дел подписал контракт, и с этого дня начинается служба Франка в Петербурге.
К концу ноября 1805 года министр внутренних дел сообщил о своем согласии с планом, предоставленным Франком, и предложил конференции академии приводить его в исполнение. 28 марта 1806 года открылась терапевтическая клиника, а в мае этого же года — хирургическая клиника. Терапевтическая клиника, находившаяся в ведении Франка, была развернута в главном здании Медико-хирургической Академии и состояла из отделений для мужчин, женщин и детей (всего 30 коек). Образцово устроенная для своего времени, она могла служить эталоном для других клиник… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»