Не чужд был Дюбуа-Реймон и философии. Во введении к работе «Исследования по животному электричеству», а также в ряде речей он выступал с резкой критикой витализма, он прочитал умирающей жизненной силе блестящую отходную. И это несмотря на то что его любимый учитель Мюллер был одним из сторонников теории о «жизненной силе», которая управляет всеми жизненными отправлениями организма. Но и устои механицизма, в свою очередь, стали колебаться. Дюбуа-Реймон стал признавать, что не все в природе может быть объяснено аналитической механикой, наука не всесильна и не все доступно познанию человека. Ограниченность механистической позиции Дюбуа-Реймона привела его к агностицизму.
В 1872 году на съезде естествоиспытателей в Лейпциге он прочел знаменитый доклад «О границах естествознания», в котором, в частности, заявил, что люди при исследовании тайн жизни неоднократно вынуждены сознаваться в неведении, говорить «не знаю». При этом они должны примириться с мыслью, что и в будущем они «не будут знать». И хотя пределы познания различных явлений с того времени значительно расширились, все же фраза из доклада Дюбуа-Реймона: «Ignoramus ignorabimus», то есть «не знаем и не будем знать», вошла в поговорку по отношению к тайнам природы.
Свой знаменитый вопрос Дюбуа-Реймон сформулировал так: «Как мы сознаем — мы не знаем и никогда не узнаем. И как бы мы ни углублялись в дебри внутримозговой нейродинамики, моста в царство сознания мы не перебросим». Он пришел к неутешительному для детерминизма выводу о невозможности объяснить сознание материальными причинами. Дюбуа-Реймон объявил, что здесь человеческий ум наталкивается на «мировую загадку», разрешить которую он никогда не сможет. До сих пор последовательно и доказательно не опровергнута его точка зрения.
Предшественником Дюбуа-Реймона в этом вопросе был другой крупнейший физиолог XIX века — Людвиг. Карл Фридрих Вильгельм Людвиг (Ludwig, 1816-1895 гг) — немецкий физиолог, возглавлявший в 1869-1895 годах новый Физиологический институт в Лейпциге, который стал крупнейшим мировым центром в области экспериментальной физиологии. Основатель научной школы, Людвиг писал, что ни одна из существующих теорий нервной деятельности, включая и электрическую теорию нервных токов Дюбуа-Реймона, не может ничего сказать о том, как вследствие деятельности нервов становятся возможными акты ощущения… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»