В последний период своей жизни Данилевский разрабатывал вопросы эндокринологии; изучал действие спермола и оварина на изолированное сердце, влияние инсулина на симпатическую нервную систему. Его работы по вопросам паразитологии относятся к изучению кровепаразитов человека и животных. Данилевский нашел Tripanosoma avium Danilevsky (1895 г) у лесной совы, Haemoproteus danilevskyi Grassi у соколов, воробьев и т.п.; еще в 1880-1890 годах он признал множественность малярийных плазмодиев.
Василию Яковлевичу принадлежат интересные работы о происхождении гипнотизма человека и животных. Он является ярким представителем Павловской физиологической школы гипноза. Начал заниматься гипнозом одновременно с Шарко, будучи студентом Харьковского университета. Еще тогда, в молодые годы, его захватила проблема природы гипноза и занимала всю жизнь. Его интересовало, к каким процессам отнести гипноз, биологическим или психологическим. Для этого он решил провести эксперименты на животных. В 1878 году на заседании Харьковского медицинского общества он делает свое первое официальное сообщение о результатах наблюдений над гипнозом у лягушки. На IV съезде общества русских врачей в 1891 году Данилевский высказал догадку о родстве гипноза у животных и человека. Доклад так прямо и назывался: «Единство гипнотизма у человека и животных». Выступление ученого было направлено не только против мистицизма, резко вспыхнувшего в те годы в России, оно в основном преследовало цель опровергнуть неожиданное заявление французского профессора Бернгейма, что «гипноза нет»». Доклад содержал информацию о гипнотизации кроликов, морских свинок, речных раков и морских крабов, черепах, крокодилов, жаб, вьюнов и головастиков и прочих всевозможных рыб. Легче было бы назвать, кого Данилевский не подвергал гипнотизации, чем перечислять всех водоплавающих и пресмыкающихся. Кошки и собаки не поддавались гипнотизации и это вызывало сожаление ученого.
Профессора Данилевского интересовал не столько гипноз, сколько законы деятельности высших отделов мозга. Так почему же, стремясь к познанию психики человека, он избрал объектом своих исследований животных? На выбор «обходного» пути повлиял «отец русской физиологии» (так окрестил его И. П. Павлов) И. М. Сеченов. Он не признавал за психологией статуса научной дисциплины и видел единственно правильный путь изучения психики в сопоставлении ее с данными нейрофизиологии, изучающей процессы в низших отделах нервной системы — спинном мозгу, нервных волокнах, нервных клетках. Как вариант, И. М. Сеченов предлагал сравнить человеческую психику со сложноорганизованной нервной деятельностью животных. Вот этот путь и выбрал Данилевский… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»