Николай Нилович — профессор Воронежского университета с 1918 года и заведующий хирургической клиникой, а с 1923 года — кафедрой топографической анатомии и оперативной хирургии медицинского факультета Московского университета, реорганизованного позже, в 1930 году, в 1-й Московский медицинский институт, где он до конца жизни руководил факультетской хирургической клиникой. В 1924 году Бурденко, став директором факультетской хирургической клиники, организовал при ней нейрохирургическое отделение, с 1929 года руководил нейрохирургической клиникой при Рентгеновском институте Наркомздрава, на базе которой в 1934 году был учрежден Центральный нейрохирургический институт (теперь Институт нейрохирургии им. Н. Н. Бурденко АМН России). В 1933 году Николаю Ниловичу Бурденко было присвоено звание заслуженного деятеля науки РСФСР, а в 1939 году — академика Академии наук СССР.
В 1936 году, принимая орден Ленина, Бурденко сказал: «Я провел всю свою жизнь среди бойцов. Несмотря на свою гражданскую одежду, я в душе боец. Я кровно связан с Армией, я отдаю все силы Армии и горжусь своей принадлежностью к ней. Мы, врачи, можем сохранить жизнь 97 процентам раненых. Мы надеемся, что смерть от раны явится исключением и останется смерть от несчастных случаев, и это то, о чем я мечтаю»
Начиная с 1937 года Бурденко — главный хирург-консультант Советской армии. В 1939-1940 годах под руководством Бурденко и Е. Н. Смирнова было составлено руководство «Материалы по военно-полевой хирургии». К созданию руководства было привлечено около 40 авторов. В этом труде были изложены санитарно-тактические основы хирургической помощи, учение о ранах, освещены вопросы специализированной помощи, очерчено понятие первичной обработки ран. Во время войны с Финляндией (1939-1940 гг) Бурденко принимает непосредственное участие в организации медицинской помощи раненым на фронтах.
Одним из первых в Советском Союзе Николай Нилович ввел в практику клинической работы хирургию центральной и периферической нервной системы, всесторонне разрабатывал теорию и практику этой новой области хирургии. За работы по хирургии центральной и периферической нервной системы Николаю Ниловичу в 1941 году была присуждена Сталинская премия. В мае 1943 года ему присваивается звание Героя Социалистического Труда… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»