В следующем помещении находилась небольшая лаборатория, в которой работали помощники профессора Брюкке Эрнст Флейшль и Зигмунд Экснер, выходцы из титулованньгх австрийских семей. В угловом помещении здания располагался мозговой и нервный центры института — бюро, рабочий кабинет, лаборатория и библиотека профессора Брюкке, который восседал за рабочим столом, разглядывая вошедших голубыми холодными глазами. Студенты говорили, что один его взгляд способен заморозить любую рыбу, выловленную в Дунае. Голову профессора прикрывал неизменный шелковый берет, ноги были укутаны шотландским пледом, а в углу стоял скромный прусский зонт, с которым он не расставался даже в самые ясные летние дни, прогуливаясь утром по Рингу.
В этом институте он успешно проработал 33 года и, благодаря универсальным дарованиям, создал себе имя великолепными работами в области физиологии мышечной и нервной ткани, пищеварения, крови, зрения. Брюкке много внимания уделял вопросам физиологии звуковой речи. Им написаны работы «Основные черты физиологии и систематики речевых звуков для лингвистов и учителей глухонемых» (1856 г), «Новый метод фонетической транскрипции» (1863 г) и ряд трудов по прикладной физиологии зрения. Он выпустил «Учебник физиологии» в двух томах.
В Институте физиологии профессора Брюкке вместе с Гельмгольцем, Дюбуа-Реймоном и К. Людвигом работал ассистентом Фрейд. Сначала он изготавливал диапозитивы для лекций своего шефа, затем под руководством Брюкке выполнил четыре оригинальных исследования и опубликовал их. В 1877 году, когда Фрейду шел двадцать первый год, он написал статью относительно нервных окончаний в позвоночнике миног. В следующем году были опубликованы его исследования, касающиеся нервных окончаний в хребте простейших рыб, а затем «Центральный вестник медицинских наук» поместил его заметки о методе анатомической подготовки для исследования нервной системы. Он также провел исследование структуры нервных тканей и нервных клеток речных раков.
Спустя год после переезда Брюкке избрали в Академию, учрежденную в 1848 году вступившим на престол императором Австро-Венгрии Францем Иосифом I. Впервые в истории Австрии немец, пруссак, протестант, стал деканом медицинского факультета, а затем ректором университета. Профессор Брюкке слыл самым смелым и отважным ученым; он боялся только дифтерии, унесшей его мать и сына; ревматизма, превратившего его жену в инвалида, и туберкулеза, которому была подвержена его семья. Не дожив 8 лет до конца XIX века, 7 января он умер. Весь медицинский и академический мир оплакивал его уход, но больше всех Зигмунд Фрейд, для которого Брюкке был величайшим ученым и наставником.
На протяжении всей своей жизни Фрейд говорил о своем уважении и восхищении неоспоримым авторитетом Брюкке и даже о благоговении перед ним. Прошло много лет, Фрейд по-прежнему вспоминал замечание Брюкке, сделанное ему однажды по поводу его непунктуальности. Фрейду суждено будет часто видеть перед собой голубые глаза Брюкке, укоризненно глядевшие на него в минуты пренебрежения ученым собственным долгом.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»