Дюбуа-Реймон, непременный секретарь Берлинской Академии наук, в 1841 году писал своему другу Халману: «Я чудесно провожу теперь время с Брюкке. Из всех моих сверстников он первый и единственный обладает головой, которая тождественна моей. Он невероятно много пережил и выдумал массу вещей, весьма тонок и хитроумен в своих научных изысканиях, это спокойный и приветливый человек».
Решение Брюкке стать ученым-медиком было вызвано отнюдь не отсутствием художественного таланта. Брюкке не бросил занятия искусством: он опубликовал книги о теории изобразительного искусства, физиологии цвета в прикладном искусстве, передаче движения в живописи, которые закрепили за ним репутацию знатока. Эрнст продолжал изучать технику живописи, путешествовал по Италии, коллекционировал Мантенью, Бассано, Луку Джордано, Риберу, а также голландские пейзажи и германские готические полотна. Некоторые из картин будут годами висеть в его будущей лаборатории вперемешку с профессорской коллекцией анатомических диапозитивов и гистологических образцов.
Эрнст Брюкке образование получил в Берлинском и Гейдельбергском университетах. В 1848 году он профессор Кёнигсбергского университета. Спустя год Брюкке, которого хотели заполучить научные учреждения всей Европы, был переведен из Кенигсберга в Венский университет и получил необычайно высокий оклад — две тысячи гульденов в год (восемьсот долларов). Ему было предоставлено под кабинет просторное помещение в здании дворца Жозефиниум с живописным видом на город. Однако профессор Брюкке приехал в Вену не ради комфорта и красочных пейзажей. Он отказался от прекрасной квартиры, поселился в старой мастерской без водопровода и газа — подручный рабочий носил в ведрах воду из водоразборной колонки во дворе и ухаживал за подопытными животными. Брюкке сам превратил обветшавшее старое здание в прекрасный храм науки и выдающийся Институт физиологии в Центральной Европе.
Институт физиологии, составлявший часть клинического колледжа Венского университета, занимал помещение бывших оружейных мастерских на углу Верингерштрассе в квартале от растянутого комплекса больницы и по диагонали от Обетовой церкви и самого университета. Стены двухэтажного здания института были такого же серого цвета, как и некогда отливавшиеся в нем пушки. Во второй половине здания, тянувшегося на целый квартал, находилась анатомичка, где первые два года студенты исследовали трупы. Поднявшись по Бергассе — одной из самых крутых венских улиц, и завернув за угол Шварцшпаниерштрассе, можно было пройти под аркой и коротким проходом во внутренний двор. Справа была аудитория, где каждое утро с одиннадцати до полудня профессор Брюкке читал лекции. Ниши в стенах аудитории были заставлены лабораторными столами с различными препаратами, электрическими батареями, книгами. Здесь же маячили фигуры студентов, склонившихся над микроскопами. Когда Брюкке приходил на лекцию, они покидали на час свои рабочие места и слонялись без дела, ибо других помещений не было… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»