Философия гуморальной медицины учила: «Первый деятель в нашем организме есть жизненная сила, самостоятельно образующая материю и ее формирующая — это начало невесомое, неуловимое, проявление вечно деятельного, вечно движимого духа, для которого организм всего лишь земная оболочка».
Во-вторых, поскольку обнаружилась несостоятельность гуморальной теории, возникла потребность в новой теории медицины, которая более гармонично обобщила бы факты, исподволь накопившиеся в рамках старой, гуморальной теории медицины и вступившие с ней в противоречие.
Так и произошло, притом почти одновременно сразу в двух странах: в России и Германии. В России новую теорию медицины представил Боткин, в Германии — Вирхов. По своему содержанию это две совершенно различные теории. Теория Вирхова основывалась на учении о клетке, теория Боткина — на учении о рефлексе. Обе теории легли в основу двух разных направлений в медицине: теория Вирхова положила начало анатомическому, или «локалистическому», направлению, теория Боткина — физиологическому, или функциональному.
Свои взгляды по вопросам медицины Сергей Петрович Боткин изложил в трех выпусках «Курса клиники внутренних болезней» (1867 г, 1868 г, 1875 г) и в 35 лекциях, записанных и изданных его учениками («Клинические лекции С. П. Боткина», 3-й вып., 1885-1891 гг). Профессор Боткин был истинным новатором, совершившим переворот в медицинской науке, творцом естественно-исторического и патогенетического метода в диагностике и лечении. Он является основоположником научной клинической медицины.
В своих воззрениях С. П. Боткин исходил из понимания организма как целого, находящегося в неразрывном единстве и связи с окружающей его средой. Эта связь, прежде всего, выражается в форме обмена веществ между организмом и средой, в форме приспособления организма к среде. Благодаря обмену организм живет и сохраняет известную самостоятельность по отношению к среде, благодаря процессу приспособления организм вырабатывает в себе новые свойства, которые, закрепляясь, передаются по наследству. Он связывал происхождение болезни с причиной, которая всегда обуславливается исключительно внешней средой, действующей непосредственно на организм или через его предков.
Центральным ядром клинической концепции Боткина является учение о внутренних механизмах развертывания патологического процесса в организме (учение о патогенезе). Он доказывал, что одна из теорий, так называемая гуморальная теория медицины, с ее учением о расстройстве движения и соотношения «соков» в организме, совсем не разрешала проблемы патогенеза. Другая же целлюлярная теория объясняла лишь два частных случая патогенеза: распространение болезненного начала путем непосредственного перехода его с одной клетки на другую и распространение путем переноса его кровью или лимфой… далее
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»