Высказывания Бернара по ряду важнейших вопросов физиологии и патологии — о роли опыта в медицине, о постановке и критике экспериментов, о соотношении наблюдения и опыта, о роли гипотезы в исследовании, о «неудачных» опытах, о соотношении клиники и физиологии, физиологии и морфологии и др. — представляют огромный интерес и поныне. Павлов ценил Бернара как «гениального физиолога, который уже с очень давних пор соединил в своем обширном и глубоком мозгу в одно гармоничное целое физиологию, экспериментальную патологию и экспериментальную терапию, тесно связывая работу физиолога в своей лаборатории с практической деятельностью врача под знаменем экспериментальной медицины».
Мировоззрение Бернара не было цельным и всегда последовательным, в известной мере оно было эклектичным, с элементами позитивизма и агностицизма. Парадоксально, но крупнейший французский физиолог, как и его немецкий коллега И. Мюллер, считал, что «…жизненная сила управляет явлениями, которых она не производит, а физические агенты производят явления, которыми они не управляют». В то же время он осуждал витализм, ибо «эта доктрина по преимуществу ленивая: она обезоруживает человека. Она… делает из физиологии род недоступной метафизиологии». В своих исследованиях он исходил из материальности физиологических явлений, и поэтому витализм его не удовлетворял. Но в то же время для него существовал только механистический материализм, который его также не мог удовлетворить. Вот почему, не поднимаясь выше механистического материализма, он часто оказывался в плену виталистических представлений. Он считал, что все явления жизни обусловлены материальными причинами, основу которых составляют физико-химические закономерности; тем не менее существуют какие-то неизвестные причины, созидающие жизнь и диктующие ее законы.
Клод Бернар скончался 10 февраля 1878 года в возрасте 65 лет, став первым французским ученым, удостоенным публичных похорон.
М.С. Шойфет, «Сто великих врачей»