Кишечный дисбактериоз нередко является причиной диареи. У здорового человека обсемененность бактериями верхних отделов желудочно-кишечного тракта не превышает 103 колониеобразующих ед/мл. В результате нарушений нормального пассажа химуса по кишечнику происходит заселение бактериями нижних отделов вышерасположенных отделов пищеварительного тракта. Имеет значение и рост условно-патогенной флоры в толстом кишечнике при проведении массивной антибиотикотерапии или в условиях иммунодефицита.