Системную красную волчанку дифференцируют с другими диффузными болезнями соединительной ткани, а также с ревмокардитом, затяжным септическим эндокардитом, ревматоидным артритом, гемобластозами, лекарственной болезнью.
При дифференциальной диагностике системной красной волчанки и ревмокардита учитывают наличие у больных системной красной волчанкой лейкопении, тромбоцитопении, отсутствие у них пресистолического шума, низкие титры противострептококковых антител, сочетание кардиальной патологии с лимфаденопатией, протеинурией.
При дифференциальном диагнозе с затяжным септическим эндокардитом ориентируются на результаты бактериологического исследования крови, часто аортальный порок встречается при септическом эндокардите.
В отличие от ревматоидного артрита суставной синдром при системной красной волчанке часто сочетается с полисерозитом, поражением кожи и не является основным симптомом заболевания.
При дифференциальном диагнозе системной красной волчанки и некоторых гемобластозов (острый лейкоз, миеломная болезнь, лимфогранулематоз) следует основываться на данных морфологического исследования костного мозга и лимфатических узлов.
Лекарственная болезнь нередко напоминает системную красную волчанку.
Правильному диагнозу способствует иногда наблюдение за течением заболевания, частое поражение почек и наличие большого количества LE-клеток при системной красной волчанке.