В основе патогенеза системной красной волчанки лежат нарушения иммунорегуляции, проявляющиеся ослаблением супрессорной активности Т-лимфоцитов и усилением активности В-лимфоцитов, продуцирующих в повышенном количестве антитела к нативной ДНК. Последние при соединении их с ДНК образуют иммунные комплексы, циркулирующие в крови и фиксирующиеся в различных органах и тканях больных системной красной волчанкой с развитием иммунокомплексного воспаления.
Провоцирующими факторами в развитии системной красной волчанки могут быть простудные заболевания, роды, аборты, беременность, ультрафиолетовое облучение, непереносимость лекарств, вакцин, сывороток и др.