В первую очередь ее проводят с холециститом, желчно-каменной болезнью, абсцессом печени. При гнойном абсцессе печени, как и гнойном холангите, наблюдаются лихорадка, боли в правой половине живота, слабость; желтуха развивается реже — примерно у 1/5 больных. Почти у 1/3 больных отмечается реакция плевры — плевральные боли, а затем и выпот. Для диагностики абсцесса печени используют ультразвуковое и радиоизотопное исследование. Холангит, протекающий с перемежающейся лихорадкой и без лейкоцитоза, раньше часто принимался за малярию.