Основными причинами, влияющими на развитие дисбактериоза, являются гипо- и ахлоргидрия желудка (особенно при нарушении эвакуации из него); синдром приводящей петли после резекции желудка по Бильрот-2, тощекишечные и дуоденальные дивертикулы, синдром слепой петли при тонко-толстокишечных анастомозах “конец в бок”, непроходимость кишечника, хронический панкреатит, иммунодефициты. Причиной кишечного дисбактериоза может быть длительный неконтролируемый прием антибиотиков, особенно широкого спектра действия, подавляющих нормальную кишечную флору и способствующих развитию тех микроорганизмов, которые имеют устойчивость к этим антибиотикам. В большинстве случаев дисбактериозом сопровождаются различные колиты, болезнь Крона и другие патологические состояния толстой кишки, приводящие к смене условий внутренней среды кишечника и, как следствие, к вытеснению нормальной кишечной микрофлоры патогенной или условно-патогенной (справедливости ради нужно заметить, что в этих случаях далеко не всегда возможно установить, является ли дисбактериоз причиной или следствием).
При дисбактериозе нарушается антагонистическая активность микрофлоры кишечника в отношении патогенных и гнилостных микроорганизмов. Продукты ненормального расщепления пищевых веществ необычной для кишечника микрофлорой (органические кислоты, альдегиды, индол, скатол, сероводород и др.), образующиеся в больших количествах, раздражают стенку кишки. Возможно также возникновение аллергии либо на обычные продукты расщепления пищевых веществ, либо на антигены бактерий.