Этиология и патогенез изучены недостаточно. Принято считать, что отсутствие (или относительная недостаточность) выработки данной пептидазы особенно проявляется при нарушениях питания, преобладании в пище злаковых, содержащих глютен, при кишечных инфекциях. Продукты неполного переваривания глютена (глиадин и др.) токсически действуют на кишечную стенку.
Предполагается, что это действие реализуется с участием иммунных механизмов. Морфологические изменения в кишечнике в основном сводятся к атрофии слизистой оболочки. Атрофия обычно начинается в толстой кишке, а затем распространяется и на подвздошную.