Согласно современным представлениям, хронический энтерит рассматривается как полиэтиологическое заболевание, в происхождении которого придается значение алиментарным вредностям (воздействие промышленных ядов — фосфор, мышьяк, свинец; некоторых антибиотиков, медикаментов салициловой группы), бактериальной и протозойной инфекциям (дизентерийная палочка, стафилококки, сальмонеллы, вирусы), паразитарным инвазиям (лямблии, аскариды), аллергическим повреждениям слизистой тонкой кишки, иммунным нарушениям. У здоровых людей тонкая кишка обычно стерильна, при развитии же хронического энтерита в ее дистальных отделах имеет место бактериальная заселенность, которая, однако, реализует свое патогенное действие лишь на фоне местных и общих предпосылок. Среди подобных предпосылок ведущую роль играет иммунодефицит. В зарубежной литературе сходное по клинике с хроническим энтеритом заболевание описывается как “синдром бактериальной заселенности (колонизации) тонкой кишки”. Также хронические энтериты могут развиваться после резекции желудка, при хроническом панкреатите, гепатите, циррозе печени, почечной недостаточности и т.д.