Программа лечения состоит из двух этапов — первичного курса и последующей базовой терапии. Выполнение программы требует длительного времени: продолжительность первичного курса лечения составляет не менее 6—8 недель, базовой терапии 1—3 месяцев. Выбор программы определяется взаимодействием нескольких факторов и зависит от ведущего симптома (боль, метеоризм, диарея, запор), его тяжести и влияния на качество жизни, а также от характера поведения пациента и его психического состояния.
Основным элементом программы является решение задачи психосоциальной адаптации с обязательным вовлечением больного в процесс диагностики и лечения. Следует акцентировать внимание пациентов на нормальных показателях исследований и подчеркивать важность отсутствия патологических нарушений для прогноза заболевания. Больной должен поверить, что у него отсутствует тяжелое органическое заболевание, угрожающее его жизни. Необходимо тщательно расспросить больного об условиях питания, жизни, работы, постараться определить сенсибилизирующий фактор и причины болезни. Врач должен информировать больного о сущности заболевания и познакомить его с прогнозом. Компетентность, авторитет и убежденность врача определяют контакт с больным, степень доверия к нему больного и успех лечения. Выполнение этой задачи во многом определяется тем, в какой группе окажется больной — в группе “пациентов” или “не пациентов” с СРТК, и в значительной степени влияет на эффективность последующих элементов программы.
Врач должен уметь правильно оценить психическое состояние больных. Нередко приходится проводить консультации с психиатрами, невропатологами, вегетологами для постановки диагноза и подбора адекватной психотропной терапии. Вмешательство неспециалистов может нанести дополнительную травму больному и отдалить его от врача.