Диагноз СРТК является диагнозом исключения, поскольку жалобы, предъявляемые больными, могут точно так же сопровождать течение прогностически неблагоприятных органических заболеваний, лишь исключив которые, врач может остановиться на диагнозе функционального заболевания.
Прежде всего при дифференциальном диагнозе следует исключить простейшие причины раздражения кишечника: хроническое воздействие диетических факторов и лекарственных препаратов. К распространенным пищевым раздражителям относятся жирная пища, алкогольные напитки, кофе, газообразующие продукты и напитки, обильная еда, изменения привычного питания в командировках и путешествиях. Из лекарственных препаратов раздражают кишечник слабительные, антибиотики, препараты железа, желчных кислот, калия и др.
Определенную роль в генезе СРТК могут играть некоторые физиологические сдвиги в организме женщин: предменструальный период, беременность, климакс могут протекать с симптомами СРТК. Длительное психоэмоциональное и интеллектуальное перенапряжение, испуг, волнение могут привести к развитию признаков СРТК, которые быстро проходят после отдыха и разрешения стрессовой ситуации. Как своеобразную форму СРТК можно рассматривать “медвежью болезнь”.
Самой распространенной патологией, сопровождающейся проявлениями СРТК, является врожденная ферментопатия — лактазная и дисахаридазная недостаточность, простейшим способом диагностики которой является диета исключения, не содержащая молока и его продуктов, сорбитола (жевательная резинка), усвоение которых требует лактазы или дисахаридазы.
Органические заболевания кишечника — колоректальный рак, полипоз, дивертикулез, болезнь Крона и неспецифический язвенный колит, микроскопические колиты, мастоцитоз, кишечные инфекции, паразитарные инфекции, синдром мальабсорбции, синдром короткой тонкой кишки, долихосигма, целиакия, туберкулез — обязательно входят в круг дифференциально-диагностического поиска. Нейроэндокринные опухоли ЖКТ, в первую очередь гастриномы, карциноидный синдром и випомы на первых стадиях могут протекать под маской диарейной или болевой формы СРТК. Гинекологические болезни (чаще эндометриоз и пластический рубцовый перитонит) могут иметь типичную для СРТК клиническую картину. Среди эндокринных заболеваний чаще всего протекают по типу диарейной формы СРК тиреотоксикоз и сахарный диабет с автономной диабетической энтеропатией.