Наиболее важное значение в патогенезе язвенного колита придается иммунологическим нарушениям, кишечному дисбактериозу и нарушениям психологического статуса.
На иммунный характер воспалительного процесса у больных язвенным колитом указывают данные морфологического исследования слизистой — в собственном слое определяются обширные инфильтраты из лимфоцитов, плазматических клеток и эозинофилов, уменьшено количество IgA-продуцирующих клеток. У больных наблюдается пищевая аллергия, особенно к белку молока. Примерно у 50 % больных выявляются в сыворотке крови антитела к антигенам ткани толстой кишки. Нарушены факторы клеточного иммунитета, в частности соотношение между субпопуляциями Т-лимфоцитов. Обнаруживаемое в 20—50 % случаев повышение циркулирующих иммунных комплексов находится в прямой взаимозависимости с активностью воспалительного процесса. Дисбактериоз кишечника закономерно определяется у 70—100 % больных язвенным колитом, при этом частота его выявления и степень выраженности коррелируют с тяжестью воспалительного процесса в толстой кишке. Уже одно это свидетельствует о значительном участии дисбактериоза в патогенезе заболевания. В составе измененной кишечной микрофлоры имеются микроорганизмы, обладающие способностью вырабатывать токсические продукты, “ферменты агрессии”, и повреждать клетки кишечника. Условно-патогенные бактерии способствуют развитию суперинфекции, микробной аллергии и аутоиммунным процессам в организме. Не совсем ясно, правда, что является первичным в цепи патогенетических процессов — нарушения иммунологической толерантности (что более вероятно) или микробного биоценоза. Наиболее спорно значение третьего фактора — психологических нарушений у больных язвенным колитом, однако расстройства эмоциональной сферы у них выявляются закономерно. У больных язвенным колитом с большой частотой находят в анамнезе острые психические травмы, хронические психотравмирующие ситуации или затяжные конфликты. При длительном рецидивирующем течении у большинства больных по крайней мере один из рецидивов бывает обусловлен психической травмой. Остается, однако, нерешенным вопрос, первичны ли эти изменения или возникают как реакция на длительное хроническое заболевание. Таким образом, патогенез язвенного колита можно представить в виде процесса, основными звеньями которого являются иммунные, в том числе аутоиммунные нарушения, кишечный дисбактериоз, отклонения в психологическом статусе, которые, будучи инициированы неизвестным этиологическим фактором, приводят к тяжелому воспалительному некротизирующему процессу в толстой кишке.