Лечение в период обострения проводится в стационаре; больных инфекционными и паразитарными колитами лечат в соответствующих инфекционных отделениях больниц. Показано частое, дробное питание (4—6 раз в сутки), диета механически щадящая (слизистые супы, пюре, фрикадельки, паровые мясные и рыбные котлеты и т.д.). Пища должна содержать 100—120 г белка, 100—120 г легкоусвояемых жиров (сливочное, растительное масла), около 400—500 г углеводов. В период наибольшей остроты процесса временно ограничивают поступление в организм углеводистых продуктов (до 350 и даже 250 г) и жиров. Жиры переносятся и усваиваются больными хроническими заболеваниями кишечника лучше, если они поступают в организм не в чистом виде, а в связи с другими пищевыми веществами (в процессе кулинарной обработки пищи). Переносимость углеводов и растительной клетчатки значительно повышается при их соответствующей кулинарной обработке (протирание, варка на пару, в наиболее тяжелых случаях — гомогенизированные овощные пюре и пр.). Витамины назначают внутрь в виде поливитаминов или парентерально (С, B2 B6, В12 и др.). Фрукты используют в виде киселей, соков, пюре, в печеном виде (яблоки), а в период ремиссии и в натуральном виде, за исключением тех, которые способствуют усилению процессов брожения в кишечнике (виноград) или обладают послабляющим действием, что нежелательно при поносах (чернослив, инжир и др.). Холодная пища и напитки, низкомолекулярные сахара, молочнокислые продукты с кислотностью выше 900 по Тернеру усиливают перистальтику кишечника, поэтому их при обострениях колита и поносах назначать не следует. Исключают острые приправы, пряности, тугоплавкие жиры, черный хлеб, свежие хлебные продукты из сдобного или дрожжевого теста, капусту, свеклу, кислые сорта ягод и фруктов, ограничивают поваренную соль.
Основная диета в период обострения — № 2, 4 и 4а (при преобладании бродильных процессов), по мере стихания воспалительного процесса — диета № 4б и более расширенная,приближающаяся к нормальной диета № 4в (пищу назначают в непротертом виде). Полезно ацидофильное молоко (150—200 г 3раза в день). При наличии сопутствующих заболеваний (холецистит, панкреатит, атеросклероз) в диету вносят необходимые коррективы. В период обострения хронических колитов назначают на короткое время антибиотики широкого спектра действия (тетрациклины; левомицетин, аминогликозиды и др.) или сульфаниламидные препараты (сульгин, фталазол) в обычных дозах. Наиболее эффективным во многих случаях является назначение энтеросептола (по 0,25—0,5 г 3 раза в день), мексаформа, интестопана, которые оказывают угнетающее действие в первую очередь на патогенную флору кишечника, уменьшают бродильные и гнилостные процессы. По завершении приема антибактериальных средств целесообразно применение колибактерина, бифидумбактерина, бификола, лактобактерина, которые назначают по 5—10 доз в день (в зависимости от тяжести заболевания). С целью повышения реактивности организма назначают подкожно экстракт алоэ (по 1 мл 1 раз в сутки, 10—15 инъекций), пеллоидин (внутрь по 40—50 мл 2 раза в день за 1—2 ч до еды или в виде клизм по 100 мл 2 раза в день в течение 10—15 дней). При проктосигмоидите назначают микроклизмы (ромашковые либо в комбинации с календулой, в виде настоя при температуре 36—38 °С по 100—150 мл 2—3 раза в день до 10—14 дней), а при проктите вяжущие средства (ксероформ, дерматол, цинка окись и др.) в свечах, нередко в комбинации с белладонной и анестезином (анестезол, анузол, неоанузол и др.). При поносе рекомендуются вяжущие и обволакивающие средства (танальбин, тансал, висмута нитрат основной, белая глина и др.), настои и отвары растений, содержащие дубильные вещества (отвары корневищ змеевика, лапчатки или кровохлебки по 1 ст. л. 3—6 раз в день, настой или отвар плодов черемухи, плодов черники, соплодий ольхи, травы зверобоя и др.), холинолитики (препараты белладонны, атропина сульфат, метацин и др.). Холино- и спазмолитики назначают при спастическом колите. При выраженном метеоризме рекомендуется уголь активированный (по 0,25—0,5 г 3—4 раза в день), настой листа мяты перечной (5 : 200, по 1 ст. л. несколько раз в день), цветков ромашки (10 : 200, по 1—2 ст. л. несколько раз в день) и другие средства. Если понос обусловлен в первую очередь секреторной недостаточностью желудка, поджелудочной железы, сопутствующим энтеритом, полезны препараты пищеварительных ферментов — ацидин-пепсин, панкреатин, фестал, панзинорм и др.