Дифференциальная диагностика в первую очередь проводится при первичном хроническом дуодените с хроническим гастритом, язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки. При вторичном хроническом дуодените, особенно развившемся как следствие заболеваний желудочно-кишечного тракта, дифференциальная диагностика затруднена.