Диагностика проводится с учетом анамнестических данных, клинической картины и лабораторно-инструментальных исследований.
В плане обследования больным проводятся общие анализы крови, мочи, кала, биохимические исследования крови на содержание общего белка и белковых фракций, аминотрансфераз, глюкозы, натрия, калия, хлоридов, холестерина, мочевины, креатинина, альфа-амилазы. Проводится диагностика хеликобактерной инфекции. Также проводится исследование дуоденального содержимого на микрофлору, простейшие (лямблиоз, амебиаз, опистохорз и др.). Проводятся повторные исследования кала на скрытую кровь (не менее 3 раз). Обязательным исследованием является исследование желудочной секреции. Желудочная секреция при хроническом дуодените может быть нормальной, повышенной, сниженной. При проведении дуоденального зондирования обнаруживаются изменения, характерные для хронического холецистита и панкреатита.
Ведущее место в диагностике хронического дуоденита занимает эндоскопическое исследование (фиброэзофагогастродуоденоскопия). По данным эндоскопического исследования можно определить микрорельеф слизистой оболочки, выявить очаговые изменения, наличие эрозий и язв.
Рентгеноскопия желудка и двенадцатиперстной кишки помогает оценить двигательную функцию, выявить дуоденогастральный рефлюкс. Также большое значение рентгенологическое исследование имеет для распознавания хронической дуоденальной непроходимости, обнаружения признаков дивертикулов. Обязательным считается проведение ультразвукового исследования всех органов брюшной полости. При необходимости проводятся гистологическое, цитологическое исследования биоптатов слизистой двенадцатиперстной кишки. При неясных патологических изменениях в двенадцатиперстной кишке дополнительно проводятся разнообразные методы дуоденографии, динамическая сцинтиграфия печени, желчного пузыря и двенадцатиперстной кишки.