Характерно многоочаговое поражение мочеполовых органов. Чаще всего поражается влагалище, также могут поражаться мочеиспускательный канал, парауретральные протоки, железы преддверия влагалища, мочевой пузырь.
В клинической картине преобладают признаки вульвовагинита и кольпита — зуд, жжение во влагалище, в области наружных половых органов и промежности, появление из влагалища пенистых гноевидных выделений желтого цвета, усиливающих зуд и жжение.
При поражении мочеиспускательного канала и мочевого пузыря возможно учащенное болезненное мочеиспускание.
Эндометрит трихомонадного происхождения проявляется маточными кровотечениями. Чаще заболевание принимает хроническое течение с периодами ремиссий и обострений. Для хронического трихомоноза характерна стертая клиническая картина. Упорное течение наблюдается при сочетании с гонореей и кандидозом. Этому нередко способствует лечение, направленное только против трихомоноза.