Инкубационный период составляет 6-10 дней. На месте укуса клеща всегда отмечается первичный аффект в виде точечного кровоизлияния и мелкого узелка, окруженного геморрагическим ободком. Выделяют легкие, средней тяжести и тяжелые формы болезни, последние наблюдаются редко. Заболевание чаще всего начинается внезапно и протекает с чередованием приступов лихорадки и апирексии.
Во время приступа температура повышается до 39-40 °С. Отмечаются озноб, головные и мышечные боли, бессонница, исчезает аппетит. Больные проявляют беспокойство, иногда бредят. Лицо гиперемировано (покрасневшее), с желтушным оттенком. Пульс учащен.
Первый приступ длится от нескольких часов до 2-6 дней и заканчивается критическим падением температуры и интенсивным потоотделением. Через 1-8 дней развивается второй приступ, длительностью от 4-8 ч до 4-8 суток. За ним следуют дальнейшие приступы, количество которых достигает 8-10 и более. Продолжительность повторных приступов сокращается, а безлихорадочные интервалы между ними удлиняются. Болезнь длится 1-2 месяца и более. Во время приступа отмечается учащение сердцебиения. Иногда наблюдаются бронхиты и бронхопневмонии. Возникают боли в животе, явления энтероколита.
Печень незначительно увеличена, уплотнена, но обычно безболезненна. Селезенка увеличена. В гемограмме отмечаются умеренная гипохромная анемия, повышенный уровень лейкоцитов, повышение СОЭ до 40-60 мм/ч. В моче обнаруживают белок и единичные цилиндры. Как правило, возвратный эндемический тиф заканчивается полным выздоровлением. Редкие смертельные исходы обусловлены кровоизлияниями в головной мозг.