Возбудитель шанкроида можно обнаружить при окрашивании по Романовскому-Гимзе. В препаратах видны мелкие палочки, расположенные в виде «стаи рыб» между лейкоцитами. Современная диагностика мягкого шанкра осуществляется с помощью полимеразной цепной реакции.
Шанкроид следует отличать от твердого шанкра (сифилис), простого герпеса, эрозивного и гангренозного баланопостита или вульвита, дифтерии половых органов, туберкулезных язв, шанкриформной пиодермии, абсцедирующего пахового лимфаденита, кожно-язвенной формы туляремии, трихомонадных язв.
Наиболее затруднена диагностика с первичным периодом сифилиса. Необходимы многократные исследования (10-15 раз) отделяемого язв на бледную трепонему, взятие крови на реакцию Вассермана каждые 5-7 дней, постановка реакции иммуно-флюоресценции и привлечение к обследованию всех половых контактов больных за последние 3-6 месяцев.
Возможно одновременное заражение мягким шанкром и сифилисом. У больных смешанным (мягким и твердым) шанкром значительно реже выявляется палочка шанкроида. В соскобе из-под края язвы наблюдается картина шанкроида, через 3-4 недели появляются уплотнение дна язвы и регионарный склераденит. Мягкий шанкр задерживает развитие сифилитической инфекции, удлиняет инкубационный период и отдаляет появление вторичных сифилид.
Первичная инфекция половых путей вирусом простого герпеса, как и при шанкроиде, вызывает болезненную паховую аденопатию. Вирусная инфекция может быть распознана по особенностям начала заболевания (везикулярные очаги на гиперемированном фоне) или по наличию в анамнезе данных о возможном заражении вирусом герпеса, а также по наличию системных симптомов, таких как лихорадка и мышечные боли.
Шанкроид системных симптомов, как правило, не вызывает.