Через несколько часов с момента внедрения трепонем в кожу или слизистую оболочку они попадают в лимфатические и кровеносные сосуды и быстро распространяются по всему организму. При этом лимфатическая система служит еще и местом интенсивного размножения трепонем. Несмотря на быструю диссеминацию возбудителя, клинически болезнь долго не проявляется.
Кроме того, может извращаться клиника. В настоящее время отмечается некоторое удлинение инкубационного периода, особенно при лечении антибиотиками каких-либо параллельно текущих заболеваний (ангины, пневмонии и т. д.). Укорочение инкубационного периода наблюдается при массивном обсеменении, когда входных ворот 2 и более.