Лечение хирургическое. Операция требуется лишь при наличии признаков нарушения прохождения кишечного содержимого и заключается в устранении механического препятствия. При необходимости производят удаление нежизнеспособного участка кишки, фиксацию того или иного отдела кишки при его аномальной подвижности, иногда накладывают обходной межкишечный анастомоз.
Аномалии и пороки развития толстой кишки. Полная атрезия заднего прохода или прямой кишки является показанием к срочной операции.
При атрезии заднего прохода рассекают кожу, закрывающую выход из кишки, низводят слизистую оболочку прямой кишки и подшивают ее к коже. Другие виды полной атрезии прямой кишки требуют выполнения сложных хирургических вмешательств. При атрезии со свищом операцию выполняют в плановом порядке, она направлена на ликвидацию атрезии и свища.
Стенозы и атрезии сигмовидной кишки требуют хирургического вмешательства.