Частота врожденных аномалий развития пищевода составляет 1 : 1000 новорожденных.
Атрезия пищевода — полное отсутствие просвета пищевода на каком-либо участке или на всем его протяжении. Атрезия в 40% случаев сочетается с другими пороками развития.
Стеноз пищевода — порок развития, связанный с внутренним сужением пищевода, или сдавлением его извне.
Удвоение пищевода — порок развития пищевода, связанный удвоением части пищевода.
Врожденная халазия (недостаточность) кардии — следствие недоразвития нервно-мышечного аппарата нижнего пищеводного сфинктера или выпрямления угла Гиса.
Врожденный короткий пищевод — порок развития, при котором часть желудка оказывается расположенной выше диафрагмы.