Консервативное противоязвенное лечение при пенетрирующих язвах неэффективно.
Пенетрирующая язва является показанием к хирургическому лечению — ваготомии при язве двенадцатиперстной кишки или удалении части желудка с язвой при язве желудка (или с оставлением ее дна на органе, в который она пенетрировала).