Происхождение кератоакантомы неизвестно. Кератоакантома имеет круглую форму, плотную консистенцию, выступает над кожей в виде полушара. Микроскопически напоминает моллюск, вирусную бородавку или плоскоклеточный рак. В центральных отделах опухоли имеется углубление, выполненное роговыми массами. По периферии и в дне углубления обнаруживаются тяжи и комплексы эпителия, которые нередко проникают далеко в глубь формы.
Изредка в кератоакантомах отмечаются явные признаки злокачественного роста в виде комплексов опухолевых клеток в лимфатических щелях или сосудах, периневральных (пространство вокруг нервного волокна) пространствах. Подобные кератоакантомы могут метастазировать в лимфатические узлы.
Наиболее трудно отличить кератоакантому в фазе роста от плоскоклеточного рака. В подобных случаях необходимы детальные клинические сведения. Имеет значение обнаружение очагов омертвения, так как в кератоакантоме их не бывает.