Лечение гидронефроза хирургическое. Его важно провести в ранний период, когда устранение непроходимости (обструкции) мочевых путей не только предотвращает дальнейшие анатомические изменения, но и приводит к улучшению функции почек.
В лечении инфицированного гидронефроза важное место занимает антибактериальная терапия под контролем посевов мочи и исследования микрофлоры на чувствительность к антибактериальным препаратам.