Дифференциальный диагноз неинфекционных гастроэнтеритов прежде всего проводят с острыми кишечными инфекциями (холерой, брюшным тифом, пищевыми интоксикациями), а также с общими инфекционными и вирусными заболеваниями, которые могут протекать с энтеритным синдромом.
Большое значение имеет эпидемиологический анамнез. Бактериологическое исследование испражнений часто позволяет выделить патогенного возбудителя (при инфекционных острых гастроэнтеритах). Детальный расспрос больного облегчает дифференциальную диагностику алиментарных, токсических, аллергических гастроэнтеритов.
В легких и среднетяжелых случаях заболевание заканчивается выздоровлением через несколько дней. Тяжелые формы могут осложняться кишечными кровотечениями, некрозом и перфорацией тонкой кишки. При токсических и аллергических гастроэнтеритах могут иметь место сопутствующие поражения других органов — сердца, печени, почек и т. д.