Заражение новорожденных происходит во время родов, 40-60% новорожденных заражаются через грудное молоко серопозитивных матерей. Может наступить заражение и после переливания крови новорожденным.
В этих случаях симптомы болезни проявляются не сразу: у детей постепенно развиваются анемия и лимфоцитоз, увеличивается печень, дети становятся склонными к интерстициальным пневмониям и плохо прибавляют в весе.
Для врожденной цитомегалии характерны желтуха, увеличение печени и селезенки, тромбогеморрагический синдром (нарушения свертывающей и противосвертывающей систем крови с развитием в конечном итоге угрожающих жизни кровотечений), уменьшение числа тромбоцитов, прогрессирующая анемия, увеличение числа ретикулоцитов (молодых эритроцитов, что свидетельствует о повышенном кроветворении в результате кровопотери).
При врожденной цитомегалии часто развивается энцефалит (при приобретенной цитомегаловирусной инфекции у более старших детей энцефалит почти не встречается). Очаги энцефалита чаще располагаются в околососудистых зонах больших полушарий. Здесь могут возникать участки омертвения с последующим образованием кальцинатов (отложений солей кальция). Последствием внутриутробного энцефалита могут быть микроцефалия, гидроцефалия и др. Изменения центральной нервной системы часто сочетаются с поражением глаз (хориоретиниты, катаракта, атрофия зрительного нерва).
Очень часто при врожденной цитомегалии наблюдаются пневмонии и поражения почек, значительно реже поражается сердечно-сосудистая система. Важно отметить, что врожденная Цитомегаловирусная инфекция всегда имеет генерализованный характер, хотя при ней обязательно поражаются и слюнные железы. Приобретенная цитомегалия может быть локализованной, с изолированным поражением слюнных желез.