При наличии сопутствующих заболеваний (холецистит, панкреатит, атеросклероз) в соответствии с надлежащими требованиями изменяют диету. В период обострений назначают на короткое время антибиотики широкого спектра действия (тетрациклины, левомицетин, аминогликозиды и др.) или сульфаниламидные препараты (сульгин, фталазол) в обычных дозах.
Наиболее эффективным во многих случаях является назначение энтеросептола (по 0,25-0,5 г 3 раза в день), мексаформа, интестопана, которые оказывают угнетающее действие в первую очередь на патогенную флору кишечника, уменьшают бродильные и гнилостные процессы. Полезны колибактерин, бифидумбактерин, бификол, лактобактерин, которые назначают по 5-10 доз в день (в зависимости от тяжести заболевания). С целью повышения реактивности организма назначают подкожно экстракт алоэ (по 1 мл 1 раз в сутки, 10-15 инъекций), пеллоидин (внутрь по 40-50 мл 2 раза в день за 1-2 ч до еды или в виде клизм по 100 мл 2 раза в день в течение 10-15 дней), проводят аутогемотерапию.
При проктосигмоидите назначают микроклизмы (ромашковые, таниновые, протарголовые, из взвеси висмута нитрата), а при проктите — вяжущие средства (ксероформ, дерматол, цинка окись и др.) в свечах, нередко в комбинации с белладонной и анестезином ("Анестезол", "Анузол" и "Неоанузол" и др.). При поносе рекомендуются вяжущие и обволакивающие средства (танальбин, тансал, висмута нитрат основной, белая глина и др.), настои и отвары растений, содержащие дубильные вещества (отвары 15 : 2000 корневищ змеевика, лапчатки или кровохлебки по 1 ст. л. 3-6 раз в день, настой или отвар плодов черемухи, плодов черники, соплодий ольхи, травы зверобоя и др.), холинолитики (препараты белладонны, атропина сульфат, метацин и др.). Холино- и спазмолитики назначают при спастическом колите.
При выраженном метеоризме рекомендуется уголь активированный (по 0,25-0,5 г 3-4 раза в день), настой листа мяты перечной (5 : 200 по 1 ст. л. несколько раз в день), цветков ромашки (10 : 200 по 1-2 ст. л. несколько раз в день) и другие средства. Если причиной поноса является в первую очередь секреторная недостаточность желудка, поджелудочной железы, сопутствующий энтерит, полезны препараты пищеварительных ферментов — панкреатин, фестал и др. Большое место в терапии обострений занимают физиотерапевтические методы (кишечные орошения, грязевые аппликации, диатермия и др.) и санаторно-курортное лечение (Ессентуки, Железноводск, Друскининкай, местные санатории для больных с заболеваниями кишечного тракта).