Диагноз ставится на основании клинической картины и обязательного подтверждения находкой паразита — балантидий. Обязательным условием микроскопической диагностики является многократное исследование испражнений (обследование ежедневно в течение 10 дней).
При запущенных формах заболевания, сопровождающихся истощением, прогноз сомнительный. В случаях раннего распознавания лечение успешное.