Синдром Альпорта наследуется по аутосомно-доминантному типу, частично сцеплен с полом.
Больные мужчины-гетерозиготы способны передавать дефектный ген только дочерям.
Больные женщины — большей части дочерей и сыновей.
Предполагается, что поражение почек связано с наследственно обусловленным дефектом мочеобразующей системы почек или с врожденным дефектом в почечных ферментных системах с последующим развитием нефрита и снижением почечных функций. На ранних стадиях болезни в образцах почечной ткани отсутствуют изменения клубочков.
В дальнейшем происходит параллельное повреждение почечных структур. При этом отложения иммунных комплексов не выявляются. Помимо поражения слухового нерва при синдроме Альпорта описаны поражения глаз (пигментный ретинит, сферофакия и др.), аномалии развития костного скелета.