Гнездная алопеция характеризуется выпадением волос на одном или нескольких небольших участках волосистой части головы, в области подмышечных впадин, лобка, бороды, ресниц или бровей. Очаги имеют чаще всего округлые очертания, они могут увеличиваться и сливаться между собой, образуя крупные участки. Кожа в свежих очагах слегка гиперемирована и отечна. В дальнейшем она становится гладкой и приобретает цвет слоновой кости. В очагах сохраняются отдельные, длиной до нескольких миллиметров, легко удаляемые "пеньки" с незначительно отечным корнем и истонченной верхушкой в форме вопросительного знака.
Заболевание может протекать на фоне эозинофилии, лимфоцитоза, регионарного лимфаденита, истощения ногтей, сопровождаться головными болями. В ряде случаев отмечается полное выпадение волос на голове, а также ресниц, бровей, пушковых волос на всем теле (полная злокачественная, или универсальная, алопеция). Течение может отличаться упорством и длительностью — волосы выпадают на протяжении нескольких лет. У детей иногда наблюдается алопеция в виде мелкоочаговых "просветов" волос или змеевидного венчика, распространяющегося лентообразно от затылка к ушным раковинам.